村上ファンドの関連会社が、民主党の松井孝治参院議員の秘書給与を肩代わりしていたことが発覚した。2006年6月18日、同党の前原誠司前代表が京都市で開いた国政報告会で明らかにした。期間は01年の初当選時から数カ月間。また、政治資金収支報告書によると、松井議員は02年12月、村上容疑者から計500万円を受け取っている。さらに、松井議員は村上ファンドに出資もしていて、議員になる前に引き上げたが、利益は120万円という。松井議員と村上容疑者は東大の同級生で、通産省にも同期入省。民主党本部ではこの件について「事実は全く把握していない」とJINビジネスニュースに答えた。