元首相の菅直人氏が2014年9月1日のブログで、読売新聞に謝罪を求めている。
原発事故に関する報道で、読売新聞は11年5月21日、「首相意向で海水注入中断」という記事を掲載した。しかし14年8月末までに各紙が相次いで「吉田調書」の詳細を報道、吉田氏は東京電力の武黒一郎フェローから海水注入中止の指示を受けたこと、指示を受けた後も吉田氏は海水注入を継続していたことがわかった。
菅氏は「読売新聞は2011年5月21日朝刊一面の『首相の意向』により『海水注入が中断』という報道が二重の意味で間違っていたことを認め、私に謝罪すべきである」とした。
また、「吉田調書」に関する報道について書かれた8月31日付の読売新聞の社説にも反論している。
社説では、故・吉田昌郎元所長が官邸サイドや東京電力本店から注水作業などを催促する指示が矢継ぎ早に来たことに対し「効果的なレスキュー（支援）が何もないという、ものすごい恨みつらみが残っている」と不満を漏らしたとして、「現場の状況を踏まえぬ菅氏らの過剰介入が、作業を遅らせ、士気を損なった。重い教訓である」と菅氏を批判している。
これについて菅氏は、
「現場の状況が正確に伝わらなかったからこそ、12日早朝に現場に行った。原子炉の対応に全力を挙げている吉田所長にある程度負担をかけたかもしれないが、住民避難の判断をしなければならない原災本部長としては『現場の状況を踏まえるために』こそ、現場の責任者から話を聞く必要があったのだ」
と説明。
9月2日のブログでは「現在、読売新聞に対する対応を考えている」と、何らかの措置を取ることを示唆している。