理化学研究所の小保方晴子・研究ユニットリーダーが執筆した新型万能細胞「STAP細胞」をめぐる論文に画像の切り貼りやねつ造があったと調査委員会が認定した問題で、2014年4月1日、小保方氏は理研側と対決姿勢を鮮明にした。小保方氏は前日、弁護士をともなって「困惑した」様子で報告書の内容について説明を受け、1日には「とても承服できません」とするコメントを公表。不服申し立ての手続きに入るが、今後泥沼化する可能性もある。
理研としては調査報告書の内容を受け入れ、小保方氏からの不服申し立てを踏まえたうえで論文の取り下げを勧告し、懲戒委員会で処分を検討する。また、STAP細胞が存在するかどうかについては、今後1年間かけて再現実験を行い検証する。
「小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊す」
会見冒頭「理研の研究者が発表した論文が科学社会の信頼性を失う地雷を引き起こした」と野依良治理事長（中央）が陳謝した
調査委員会では、小保方氏の論文に寄せられた疑問点のうち、大きく4点を調査。そのうち、2点について改ざんやねつ造といった「研究不正行為」が行われたと認定した。
1点目が、2枚の異なるゲルの写真が1枚に合成されていた点。ある写真の一部と切り取って1.6倍に拡大し、別の写真に張り付けていた。この点について、報告書では「T細胞受容体遺伝子再構成バンドを綺麗に見せる図を作成したいという目的性をもって行われたデータの加工であり、その手法が科学的な考察と手順を踏まないものであることは明白」だとして「改ざん」だと認定した。
2点目が、STAP細胞の論文の根幹部分の画像が小保方氏の博士論文と酷似している点だ。博士論文の画像は今回のSTAP細胞の論文とは全く違う文脈で使われている。このことから、調査報告書では
「このデータは STAP 細胞の多能性を示す極めて重要なデータであり、小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたものであると言わざるを得ない」
として「ねつ造」だと断定した。
3年間で実験ノート2冊、データは私物PCにしか残っていない
調査委員会では博士論文関連の画像がSTAP細胞の論文に流用され、データが「ねつ造」されたと断定した
また、調査の過程で、3年間で実験ノートが2冊しか残っていなかった上、その内容も
「これだけ内容が断片的な記載で、実験が（事後的に）フォローできないというのは、私が数十人持った（学生の）なかでは経験がない」（石井俊輔調査委員長）
という代物だということが明らかになった。さらに、小保方氏は理研所有のデスクトップPCではなく、私物のノートPCを使用して実験データを記録していた。調査委員会では、私物PCに入っていた実験関連のデータは小保方氏から提供を受けたと説明しているが、PCそのものの引き渡しは受けることはできなかった。そのため、証拠保全の観点から大きな疑問が出ている。
理研が06年に定めた「科学研究上の不正行為への基本的対応方針」では、実験ノートや実験データを記録した電子媒体は「研究所に帰属」し、「論文など成果物の発表後も一定期間（特段の定めがない場合は 5年間）保管し、他の研究者らからの問い合わせ、調査照会などにも対応できるようにする」ことを求めている。この方針もまったく守られなかったことになる。この点について、川合真紀理事（研究担当）は「大反省」しなければならないと述べた。
この調査報告書に対して、小保方氏はコメントを発表。「驚きと憤りの気持ちでいっぱいです」と猛反発した。
「理化学研究所の規程で『研究不正』の対象外となる『悪意のない間違い』であるにもかかわらず、改ざん、ねつ造と決めつけられたことは、とても承服できません。近日中に、理化学研究所に不服申し立てをします」
報告書渡されたときには弁明はなかった
報告書で指摘された画像の改ざんについては「見やすい写真を示したいという考え」から行ったといい、「元データをそのまま掲載した場合に得られる結果と何も変わりません」とも主張。「ねつ造」だと指摘された画像については「単純なミスであり、不正の目的も悪意もありませんでした」とした。
ただし、この2点については調査報告書がすでに
「研究者を錯覚させる危険性がある」
「その（画像加工の）手法は科学的な考察と手順を踏まないものであった」
「明らかな実験条件の違いを認識せずに、論文1（編注：STAP細胞の論文）の図を作製したとの説明を納得することは困難」
と批判しており、必ずしも両者の主張はかみ合っていない。
この2点を含む論文の不適切な点については、3月9日に執筆者全員から訂正した論文をネイチャーに提出しており、この点は理研も確認している。一度は小保方氏も論文撤回に同意していたが、現時点の小保方氏の意向は理研でも把握していないという。
調査報告書は、3月31日に川合真紀理事（研究担当）が直接小保方氏に手渡して内容を説明した。その時の小保方氏の様子を、川合氏は
「説明した時点でだいぶ困惑していた。本人が予想していたものと違ったのか、それともその通りだったのか、そこはコメントをいただいていないので分からない」
と説明。この説明の席には弁護士が同席しており、小保方氏は特に弁明はしなかったという。川合氏が不服申し立て手続きについて
「（弁護士と小保方氏で）相互に相談して決めるのがいいと思います」
と伝えたところ、反論のコメントが送られてきたという。
小保方氏が出てこないのは「安全性が担保できる条件下」ではないから
この反論について、野依良治理事長は
「彼女はSTAP細胞の存在を信じているわけですから、思い入れがあるでしょうから、こういう言い方をされているのだろうと思う。研究者が色々なことに思い入れをもってやるのは当然のことだろうと思う。ただ、それと調査委員会の結果と整合するのかしないのかはわからない」
と述べるにとどめ、不正が疑われる内容には深く踏み込まなかった。
また、小保方氏本人が会見に出席して説明することはなかった。この点について、川合氏は
「素人の若い女性にとってみると、報道によって、かなり尋常ではない状況に入っていたことも事実。心身ともに疲れ果てているのが現状。理研の職員の安全を確保するという責務もあり、そこをきちんと勘案したうえで、安全性が担保できる条件下でなければ出ていただくことが難しいと考えている。一方、会見をする・しないは本人の意思なので、『ぜひしたい』ということであれば安全が確保した上で協力したい。今日出てきていないのは、体の状況が大変大きく影響している。報告を昨日渡したばかりなので、しっかり読んで考える時間も必要」
と述べ、現時点では小保方氏の安全が確保できないことを理由に挙げた。