文部科学省は2012年6月8日、神戸大学が無断で遺伝子組み換え実験を行っていたとして厳重注意をしたと発表した。
発表によると、神戸大学は09年4月から8月にかけて、「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」に基づき、あらかじめ文部科学大臣に拡散防止措置の確認を受けなければならない遺伝子組み換え実験について、確認を受けずに実施していた。大学での実験管理が不十分だったこと、実験従事者に対する法律などに関する教育研修が不十分だったことが原因で、当該の実験については必要な拡散防止措置がとられていて生物多様性への影響などはなかったという。