政府がリーマン・ショック後の2008年10月に、景気対策として中小企業の資金繰り支援を狙いに導入した「緊急保証制度」による融資のうち、2131億円（10年6月末時点）は信用保証協会が債務を肩代わりしていることがわかった。
緊急保証制度は、1社あたり2億8000万円を上限に、全国の信用保証協会が銀行や信用金庫などの行う中小企業向け融資を100%保証する制度で、融資先が経営破たんすると信用保証協会が全額肩代わり（代位弁済）することになっている。
中小企業庁は、「（2100億円の）全額が焦げ付いたわけではない」と話すが、緊急保証制度の保証承諾実績（融資総額）は20兆7000億円で、そのうちの1.03%がすでに代位弁済に充てられたことになる。
緊急保証制度は、元本の返済を猶予する据え置き期間を最長2年まで認めている。11月にはその据え置き期間が終わることから、今後、貸し倒れが増えることが懸念されている。