菅直人首相が2009年9月の政権交代後、沖縄の米軍普天間基地移設問題について周囲に「沖縄基地問題はどうにもならない」「沖縄は独立したほうがいい」という旨の発言をしていたと、喜納昌吉参院議員が自著の中で明らかにした。本当にそう発言したのかは不明だが、新聞で報じられるなど、大きな波紋を呼んでいる。
2010年6月1日、民主党沖縄県連の喜納昌吉参院議員（62）の著書『沖縄の自己決定権 地球の涙に虹がかかるまで』（未來社）が発売された。7月の参院選に比例代表で出馬する喜納氏が、自身のこれまでの歩みと政治信条をインタビュー形式で語った本だ。
「もう沖縄は独立したほうがいいよ」
喜納昌吉参院議員の『沖縄の自己決定権』。
その中の「沖縄の自立に向けて」という章に、09年9月の政権交代後、当時副総理だった菅氏に会った際、米軍普天間基地移設問題について話し合った内容が書かれている。
喜納氏が「沖縄問題よろしくね」と言ったところ、菅氏は「沖縄問題は重くてどうしようもない。基地問題はどうにもならない。もうタッチしたくない」と発言。最後には、「もう沖縄は独立したほうがいいよ」とまで言ったという。
以前から沖縄独立を提唱していた喜納氏はこれに「あ、菅さん、ありがとう！」と返したというが、著書の中で「半分ジョークにしろ、そういうことをいま副総理でもある、財務大臣でもある、将来首相になる可能性もある彼が言ったということ、これは大きいよ。非公式だったとしても重い」としている。