吉野家ホールディングスは、2008年8月中間連結決算の最終損益が従来予想の8億円の黒字から2億1100万円の赤字（前年同期は11億円の黒字）になる、と08年10月3日に発表した。吉野家が中間期で最終赤字になるのは、BSE問題で米国産牛肉の輸入がストップした04年8月中間期以来。
赤字の背景は07年10月に営業譲渡を受けたラーメン専門店アール・ワンの業績回復の遅れで、７億円の特別損失を計上することなど。また子会社で持ち帰りすし大手の京樽は、同日、和食レストラン事業からの撤退を明らかにした。「海鮮三崎港」「わのか」の全23店舗を08年11月末までに閉店し、海鮮三崎港と同じ屋号で営業している回転ずし店に経営を集中する。