マクドナルドで発覚した食品偽装は、本部とは経営が独立のフランチャイズ（FC）店だから起きたとの見方もされた。ところが、このところテレビや週刊誌で直営店での問題が指摘されるようになっている。トップレベルの厳しい食品管理で知られるマックだが、今何が起きているのか。
週刊現代がマックシェイクなどの問題を指摘
直営店での調理問題を報じた12月10日発売の「週刊現代」の記事
マクドナルド直営店での問題を指摘した一例が、「週刊現代」2007年12月10日発売号の記事。「元直営店従業員が『恐怖のカウンター裏』を衝撃の告白 『マクドナルドを食べてはいけない！』」と題して、4ページにわたって東京都内の直営店の元従業員（29）らの証言を紹介している。
この元従業員によると、働いていた店では、マックシェイクで大腸菌などの検査をするとき、試験紙の色が変わることが結構あったが、店長ら上司の判断で客に出すこともあったという。また、小さい茶色のゴキブリが浮いていた油を使って、フライド・ポテトを揚げていたという。元従業員は、店では毎日1回はゴキブリをすくって捨てていたとも証言している。そして、社員から聞いた話として、10人ぐらいの客から腹を壊したとクレームがあったとしている。
さらには、テレビ朝日系で11月27日放送された「報道ステーション」が取り上げた例がある。番組では、マクドナルド直営店の元店長代理という女性が、勤めていた店で売れ残っていたサラダの調理日を改ざんしていた、と証言していた。その後、店を辞めていたのにも関わらず制服を着て出演していたことから古舘伊知郎キャスターが陳謝する事態になったが、テレビ朝日側は、女性の証言そのものは撤回していない。
相次ぐ直営店での問題報道は、事実なのか。日本マクドナルドに対し、J-CASTニュースが確認すると、広報担当者は、「週刊現代の記事の件は、指摘された直営店の従業員関係者からヒアリングをしましたが、そのような事実は確認されていません。もし、20人もの客からクレームが来れば大変なことになります。テレビ朝日の報道は、どこの店か分かりませんので、状況を見させていただいています」と説明した。