会計専門職を育成する目的で2006年4月に開校した大原大学院大学は2007年3月2日、在学生とその父兄や入学希望者に対して、ホームページでお詫びと報告を行った。1期生として入学した学生のうち、定員（30人）の半数以上にあたる16人が同校の教職員だったことから、文部科学省から改善が求められていた。
この問題は、文科省の設置計画履行状況調査での指摘を、同日付の毎日新聞が報道したことで明るみになった。J-CASTニュースに対し同校は、「書類上の手続きがうまくいかず、当局の認可が下りたのが（06年）1月でした。開校までに3カ月で、4月には14人しか集まりませんでした。内部の教員の中には、教えながら他の大学などに通い修士を取得する者が少なくないので希望を募りました」と釈明している。
「2、3年かかっても定員に達するよう、がんばる」
しかし、今回の文科省の指摘を受け、16人のうち単位不足が明らかな10人からは退学届けが出されており、これを受理。残りの6人は「きちんと単位を取っているので、このまま在籍します」という。
同校は現在2期生の募集を行っているが、「昨年よりも願書は集まっていますが、他へ流れることを考えると定員（30人）はどうか。苦戦しています。ただ、2、3年かかってもきちんと定員に達するよう、がんばっていきます」と、神妙に話した。